Kayıp Şehir, İstanbul’un arka sokaklarında yaşanan, yoksulluğun sebep olduğu insanlık trajedilerini, kadınların, çingenelerin, travestilerin, hatta siyahların uğradığı ayrımcılığı, işçi ile emekçi sorunlarını ve sokak çocuklarının şiddet dolu dünyasını farklı bir dille gözler önüne seriyor.

Hikayenin odağında mahalleye yeni gelen Karadenizli Toptaş Ailesi yer alıyor.
 
Toptaşlar birbirine bağlı ve güçlü, tipik bir Karadeniz ailesidir. Bu ailenin ilk acı kaybı Meryem’in eşini, çocukların ise sevgili babalarını kaybetmesiyle başlar. Meryem ansızın 5’i erkek, biri kız 6 çocuğuyla dul kalır. Üstelik 80 yaşına merdiven dayamış kayınpederi de onlarla birlikte yaşamaktadır. 6 kardeşten en büyükleri İsmail 25, deli dolu bir çocuk olan İrfan 23, sorumluluk sahibi Kadir 22, tek kız çocuğu olan Seher 18, okumayı hiç sevmeyen Sadık 16 ve en küçükleri Hakan ise 8 yaşındadır.
 
Üst üste yaşanan felaketler ve beklenmedik olaylar Toptaş Ailesi’ni yavaş yavaş zorunlu göçe doğru iter. Apar topar İstanbul’a gelen aile, hepsinden önce bu büyük şehre gelmiş olan büyük oğul İsmail’in evine sığınılar.
 
"Kayıp Şehir", Toptaş Ailesi’nin hayatta kalma mücadelelerini anlatırken, aynı zamanda İstanbul’un arka sokaklarında hayata tutunamamış insanların yaşadıkları dramı da ekrana getiriyor.